Punca utama pencemaran air antaranya ialah pembuangan sampah dari kawasan perumahan di sepanjang sungai, tepi tasik dan laut. Penduduk membuang najis manusia dan najis binatang ternakan seperti ayam,babi,lembu dan lain-lain ke dalam sungai.Sungai Semenyih,sebagai contoh pernah dicemari dengan puluhan ladang babi pada tahun 1980-an.
Kilang memproses getah dan minyak kelapa sawit juga menjadi punca kepada pencemaran air di sungai-sungai di Malaysia.Sisa toksik dibuang dan dialirkan ke dalam longkang, parit, terusan dan seterusnya ke dalam sungai. Pemandangan dari udara ke atas Sungai Juru yang terletak di Seberang Perai,Pulau Pinang menunjukkan warna air di Sungai Juru berwarna hitam pekat apabila sampai di laut.
Petani di Cameron Highland menggunakan baja kimia dan racun serangga sehingga menjejaskan kualiti air minuman di Sungai Terla. Hotel dan rumah kongsi para pekerja tidak mempunyai sistem perparitan yang sempurna menyebabkan najis manusia tidak dirawat dengan betul. Kes ini didedahkan kepada wartawan dan ditontonkan di televisyen. Selepas itu barulah Majlis Daerah Cameron Highland turun padang untuk mengambil tindakan bagi membetulkan keadaan.
Pengilang dari Taiwan dilaporkan mengeksport sisa kimia ke Malaysia dan ditanam di kawasan terpencil di Johor,Malaysia. Beberapa negara maju membuang sisa radioaktif dengan memasukkan sisa ini ke dalam tong-tong dram sebelum membuangkannya ke dalam laut. Tindakan ini boleh merosakkan hidupan marin. Tayar-tayar buruk kononnya akan dijadikan tukun-tukun tiruan di dasar laut terutama di Laut China Selatan. Sesetengah pulau tidak mempunyai sistem pelupusan sampah. Oleh itu wujud 'pulau sampah' secara terancang atau tidak dirancang. oleh itu, kita mesti menjaga dan memulihara air kita.
